A inicios de la década de los noventa la actividad de acopio y comercialización de los productos agropecuarios continuó en su totalidad bajo la gestión y/o la regulación del Ministerio de Agricultura. La crisis económica de los 90 (Período Especial), provocó grandes afectaciones en los niveles de producción del sector agropecuario cubano. Algunas de estas producciones aún no han logrado hasta el presente su plena recuperación.